На подворье Дальних пещер стоит небольшая однокупольная Аннозачатиевская церковь. Построенная она над входом в Дальние пещеры в 1679 г. на пожертвования киевлянина Александра Новицкого. Нижняя ее часть была каменной, верхняя – деревянной.
В 1763 году деревянная крыша заменена на железную, грушевидный купол покрыт красным листовым золотом. Из церкви был прорыт вход в пещеры, который позднее был закрыт из-за высокого уровня грунтовых вод. В 1769 г. его восстановили.
Из-за многочисленных оползней церковь часто ремонтировали, стены укрепляли контрфорсами-подпорками. В начале ХІХ в. в стенах образовались глубокие трещины. Было решено построить новую церковь. Разработанный в 1809 году архитектором Александром Якушкиным (в монашестве – иеромонах Арсений, который впоследствии был похоронен рядом с Аннозачатиевской церковью в склепе, сооруженном ним самим) проект перестройки храма был воплощен мастером Василием Сериковым, который закрепил на деревянных столбах металлическую крышу с куполом, разобрал старые и возвел новые каменные стены. В конце ХІХ в., во время реставрации, возведена новая крыша, а грушевидный купол заменен на шатровый. Интерьер церкви расписан сюжетной и орнаментальной живописью киевским художником Иваном Квятковским. Росписи до нашего времени почти не сохранились. Церковь украшают: дубовый резной в византийском стиле одноярусный иконостас, изготовленный в 1881 г. в Москве по проекту архитектора П.Кудрина, лампады, паникадило. Бронзовые посеребренные оклады для престола и жертвенника выполнил киевский ювелир Федор Коробка.
В наше время Аннозачатиевская церковь — действующий храм Свято-Успенской Киево-Печерской лавры. В ней сохраняются иконы Божьей Матери Иверской и святителя Николая, написанные в первой половине ХVІІІ в. и переданные в Лавру в 1988 году.
В 2003 году начата реставрация храма, которая еще не закончена.